Pemerintah dan umat Islam Indonesia menaruh perhatian yang besar terhadap upaya pemeliharaan Al-Qur'an melalui berbagai usaha, antara lain melalui pembentukan Lajnah Pentashihan Mushaf AlQur'an, tim penerjemah Al-Qur'an dan penulisan tafsirnya, lembaga pendidikan dan pengajaran Al-Qur'an, dan penyelenggaraan Musabaqah Tilawatil Qur'an.

Sebagai wujud perhatian pemerintah untuk menjamin kesucian teks Al-Qur'an dari berbagai kesalahan dan kekurangan dalam penulisan Al-Qur'an tersebut, pada tahun 1957 dibentuk suatu lembaga kepanitiaan yang bertugas mentashih (memeriksa/mengoreksi) setiap mushaf Al-Qur'an yang akan dicetak dan diedarkan kepada masyarakat Indonesia. Lembaga tersebut diberi nama Lajnah Pentashih Mushaf Al-Qur'an. Namun keberadaan lembaga ini tidak muncul dalam struktur tersendiri, dan hanya merupakan semacam panitia adhoc. Lembaga tersebut menjadi bagian dari Puslitbang Lektur Keagamaan, bahkan dalam PMA no. 3 tahun 2006 tentang organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama nomenklatur Lajnah tidak disebut sama sekali, meskipun tugasnya terurai dalam tugas pokok dan fungsi (tupoksi). Padahal Lajnah mengemban tugas yang berat dan penting dengan volume dan cakupan pekerjaan yang luas, serta tanggung jawab yang besar , karena terkait dengan kajian dan pemeliharaan kitab suci Al-Qur'an.

Tugas-tugas Lajnah semakin berkembang sejalan dengan perkembangan zaman dan ilmu pengetahuan. Pada tahun 1982 keluar Peraturan Menteri Agama Nomor 1 tahun 1982, yang isinya antara lain menyebut tugas-tugas Lajnah Pentashih, yaitu (1) meneliti dan menjaga mushaf Al-Qur'an, rekaman bacaan Al-Qur'an, terjemah dan tafsir Al-Qur'an secara preventif dan represif; (2) mempelajari dan meneliti kebenaran mushaf Al-Qur'an, Al-Qur'an untuk tunanetra (Al-Qur'an Braille), bacaan Al-Qur'an dalam kaset, piringan hitam dan penemuan elektronik lainnya yang beredar di Indonesia; dan (3) Menyetop peredaran Mushaf Al-Qur'an yang belum ditashih oleh Lajnah Pentashih Mushaf Al-Qur’an.

Sepanjang perjalanan Lajnah sejak pertama kali didirikan pada tahun 1957 telah mengalami beberapa pergantian kepemimpinan. Sebutan untuk pemimpin Lajnah hingga akhir tahun 2006 adalah Ketua Lajnah yang secara ex officio dijabat oleh Kepala Puslitbang Lektur Keagamaan. Sejak awal tahun 2007 sejalan dengan ditetapkannya Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an (LPMA) sebagai satuan kerja (satker) tersendiri, sebutan Ketua Lajnah berubah menjadi Kepala Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an. Adapun mereka yang pernah menduduki jabatan Ketua/ Kepala Lajnah adalah sebagai berikut:

  • 1. H. Abu Bakar Aceh, (1957-1960);
  • 2. H. Ghazali Thaib, (1960-1963);
  • 3. H. Mas'udin Noor , (1964-1966);
  • 4. H. A. Amin Nashir , (1967-1971);
  • 5. H.B. Hamdani Ali, MA., M.Ed, (1972-1974);
  • 6. H. Sawabi Ihsan, MA. (1975-1978);
  • 7. Drs. H. Mahmud Usman, (1979-1982);
  • 8. H. Sawabi Ihsan, MA., (1982-1988);
  • 9. Drs. H. Abdul Hafidz Dasuki, ( 1988-1998);
  • 10. Drs. H.M. Kailani Eryono, (1998-2001);
  • 11. Drs. H. Abdullah Sukarta, (2001-2002);
  • 12. Drs. H. Fadhal AR. Bafadal, M.Sc, (2002-2007);
  • 13. Drs. H. Muhammad Shohib, MA. (2007-2014).
  • 14. Drs. H. Hisyam Ma'sum, M.Si (sebagai Pgs. Kepala LPMA dari Juni - Sept 2014)
  • 15. H. Abdul Halim Ahmad, Lc, MM (Sept 2014 - Maret 2015)
  • 16. Dr. H. Muchlis Muhammad Hanafi, MA (sebagai Pgs. Kepala LPMA dari Maret 2015 - sekarang)

Tugas-tugas Lajnah hingga tahun 2007 masih sebatas mentashih Al-Qur'an dengan segala macam produknya. Namun belakangan ini tugas-tugas Lajnah menjadi semakin luas. Sehubungan dengan itu, sebagai tindak lanjut pelaksanaan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 3 Tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama dan untuk meningkatkan dayaguna dan hasil-guna pelaksanaan tugas dibidang pentashihan dan pengkajian Al-Qur'an, keluarlah Peraturan Menteri Agama RI Nomor 3 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an.

Di dalam Peraturan Menteri Agama RI Nomor 3 Tahun 2007 Bab I pasal 1, Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an adalah Unit Pelaksana Teknis Badan Penelitian dan Pengembangan serta Pendidikan dan Pelatihan, berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama RI.

Sejak keluarnya PMA tersebut, Organisasi dan Tata Kerja Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an turut berubah sesuai dengan tugas dan fungsi Lajnah dalam diktum tersebut, sehingga organisasi ini mencakup 3 bidang, yaitu (1) Bidang Pentashihan, (2) Bidang Pengkajian Al-Qur'an, dan (3) Bidang Bayt Al-Qur'an dan Dokumentasi. Khusus pengelolaan Bayt Al-Qur'an dan Museum Istiqlal telah diterbitkan pula Keputusan Menteri Agama No. 45 Tahun 2007tentang Pencabutan Keputusan Menteri Agama Nomor E/50 Tahun 2002 tentang Susunan Personalia Pengelolaan Bayt Al-Qur'an dan Museum Istiqlal Taman Mini Indonesia Indah. Sejak keluarnya PMA No. 3 Tahun 2007 inilah tugas pengelolaan Bayt Al-Qur'an dan Museum AlQur'an di bawah Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an.

Saat ini Lajnah menempati Gedung Bayt al-Qur'an & Museum Istiqlal yang diresmikan pada tanggal 20 April 1997 oleh Presiden RI pada waktu itu, Soeharto. Gedung ini dibangun di atas tanah seluas 20.013 m2 dengan luas bangunan ± 20.402 m2. Arsitek pembangunan gedung ini adalah Ir. Achmad Noe'man. Gedung ini terdiri atas empat lantai yang masingmasing berfungsi sebagai masjid, main hall, museum shop, dan ruang pamer (lantai 1), ruang pamer dan audio visual (lantai 2), perkantoran dan ruang perpustakaan (lantai 3), dan ruang seminar (lantai 4).